Esta Operação está sendo coordenada pela Marinha do Brasil, com apoio do Exército Brasileiro, Força Aérea Brasileira e Órgãos de Segurança Pública e de Fiscalização (OSPF) Federal, Estadual e Municipal, em ambiente de trabalho interagências, com a finalidade de coibir os ilícitos transfronteiriços (descaminho, contrabando e tráfico) nas rodovias, hidrovias e área marítima adjacentes aos Estados de São Paulo (SP) e Paraná (PR).

Cerca de 2500 militares e agentes estão envolvidos em ações preventivas e repressivas, tais como postos de bloqueio e controle em estradas (em vias urbanas e rurais), patrulha e inspeção de embarcações nos rios e área marítima e monitoramento aéreo da área de operação.

A faixa de fronteira é legalmente definida como a região interna de 150 Km de largura paralela à linha divisória terrestre do território nacional. No Estado do Paraná, em uma área de cerca de 67 mil Km2, maior que o tamanho do estado da Paraíba, existem 139 municípios (segundo estado com maior número de cidades fronteiriças – segundo IBGE) e uma população próxima a 2.380.000 habitantes.

A Operação Ágata está inserida no Programa de Proteção Integrada de Fronteiras, instituído pelo Decreto Presidencial nº 8.903, de 16 de novembro de 2016, combinada com a Lei Complementar nº 97/1999, alterada pela LC nº 117/04 e LC nº 136/10, que tem como objetivos a integração e articulação de ações de segurança pública da União, de inteligência, de controle aduaneiro e das Forças Armadas com as atividades dos Estados e Municípios situados na faixa de fronteira, incluídas suas águas interiores, e na costa marítima, em situação de normalidade, buscando priorizar o fortalecimento da prevenção das medidas de controle, da fiscalização e da repressão aos ilícitos transfronteiriços e ambientais, fortalecendo a presença do Estado na região.